Magtudredningen er iværksat af Folketinget på grundlag af en beretning fra "Udvalget vedrørende analyse af demokrati og magt i Danmark" fra den 19. marts 1997. Lise Togeby, Aarhus Universitet blev den 26. maj 1997 udpeget af regeringen som formand for forskningsledelsen. De øvrige medlemmer af forskningsledelsen - Jørgen Goul Andersen, Aalborg Universitet, Peter Munk Christiansen, Syddansk Universitet, Torben Beck Jørgensen og Signild Vallgårda, Københavns Universitet - blev udpeget i november 1997 af Forskningsforum. Folketingets Finansudvalg har i august 1997 bevilliget 50 mill. kr. til magtudredningen. Magtudredningen forventes at have en varighed på 6 år.
Udvalget vedrørende analyse af demokrati og magt i Danmark blev nedsat i 1994, efter at SF havde stillet en forespørgsel til statsminister Poul Nyrup Rasmussen om regeringens planer for en demokratisering af økonomien og arbejdslivet. I sin besvarelse af forespørgslen lovede statsministeren at indkalde partilederne til et møde om, hvordan folkestyrets arbejdsvilkår kunne analyseres. Efter statsministerens møde med partilederne sendte statsministeren et brev til Folketingets formand, hvor statsministeren oplyste, at der på mødet havde været enighed om at bede Folketinget overveje, hvordan Folketingets partier i fællesskab kunne udarbejde et idéoplæg til en analyse af demokrati og magt i Danmark. Den 7. juni 1994 meddelte Folketingets formand, at der ville blive nedsat et særligt udvalg vedrørende analyse af demokrati og magt i Danmark. Udvalget afgav beretning den 19. marts 1997 (Beretning nr. 6, Folketinget 1996-97). Beretningen udgør den formelle ramme for magtudredningen og afgrænser de forskningsspørgsmål, som skal belyses.
I følge beretningen er formålet med magtudredningen
"... at belyse folkestyrets funktion i bred forstand, herunder organisationers, bevægelsers og økonomiske magtstrukturers indflydelse i samfundet samt internationaliseringes konsekvenser for gennemsigtighed og synliggørelse af beslutninger, indflydelse og magt i samfundslivet".
Desuden ønsker Folketinget at skabe rammerne for forskning
"... der i de kommende år mere systematisk kan trænge ind i kernen af demokratidiskussioner og -dilemmaer i et moderne velfærdssamfund på vej over tærsklen til et nyt århundrede, ligesom den kan blotlægge de magt- og indflydelseskanaler, der findes i et samfund i tæt kontakt med den globale og teknologiske virkelighed".
Magtudredningens forskningsledelse har på denne baggrund fortolket sit mandat således, at opgaven er at gennemføre en analyse af det danske folkestyres situation ved overgangen til det 21. århundrede, idet analysen foruden de klassiske politiske institutioner skal omfatte de samfundsmæssige forhold, der har betydning for folkestyrets funktion.